Chương trình khoa học và công nghệ Quốc gia (KHCNQG) được quy định trong Luật Khoa học và Công nghệ năm 2013, hình thành trên cơ sở các định hướng phát triển khoa học và công nghệ trọng tâm được nêu trong Chiến lược phát triển khoa học và công nghệ nhằm triển khai Chiến lược phát triển kinh tế – xã hội trong từng giai đoạn của đất nước.
Trong giai đoạn 2016-2020 đã có tổng số 39 Chương trình KHCNQG được cấp có thẩm quyền quyết định thực hiện. Việc triển khai các Chương trình KHCNQG nói chung, đặc biệt là các Chương trình KHCNQG trong giai đoạn 2016-2020 đã góp phần giúp hoạt động khoa học và công nghệ có những đóng góp quan trọng và toàn diện đến phát triển kinh tế – xã hội.
Chỉ số đóng góp của năng suất các nhân tố tổng hợp (TFP) vào tăng trưởng tăng từ 33,6% (giai đoạn 2011-2015) lên 45,2% (giai đoạn 2016-2020). Tốc độ tăng năng suất lao động bình quân giai đoạn 2016-2020 là 5,8%/năm (cao hơn mức 4,3%/năm của giai đoạn 2011-2015). Tỉ trọng giá trị xuất khẩu sản phẩm công nghệ cao trong tổng giá trị xuất khẩu hàng hóa tăng từ 19% năm 2010 lên khoảng 50% năm 2020. Chỉ số đổi mới sáng tạo (GII) của Việt Nam năm 2020 xếp thứ 42/131 quốc gia, dẫn đầu nhóm quốc gia có cùng mức thu nhập và đứng thứ 3 trong ASEAN sau Singapore và Malaysia.
Hệ sinh thái khởi nghiệp đổi mới sáng tạo Việt Nam bắt đầu được hình thành và phát triển. Hiện nay có khoảng hơn 3.000 doanh nghiệp khởi nghiệp sáng tạo tại Việt Nam. Số lượng vốn được công bố đầu tư vào các doanh nghiệp khởi nghiệp sáng tạo liên tiếp tăng trưởng cao (đạt xấp xỉ 1 tỉ USD liên tiếp trong 2 năm gần đây, tăng gấp 3 lần so với năm 2017), đưa Việt Nam trở thành quốc gia năng động thứ 3 Đông Nam Á về khởi nghiệp sáng tạo. Số lượng bài báo công bố quốc tế của Việt Nam trong giai đoạn 2016-2020 tăng trung bình 20%. Một số lĩnh vực khoa học tự nhiên như: Toán học, Vật lý, Hóa học tiếp tục giữ thứ hạng cao trong khu vực ASEAN.
Khoảng 10 năm trước đây, kinh phí hoạt động khoa học và công nghệ chủ yếu dựa vào Ngân sách Nhà nước (chiếm khoảng 70-80% tổng đầu tư cho khoa học và công nghệ), thì đến nay đầu tư cho khoa học và công nghệ từ Ngân sách Nhà nước và từ doanh nghiệp đã tương đối cân bằng với tỉ lệ tương ứng là 52% và 48%. Nhiều doanh nghiệp tư nhân đã tiên phong trong đầu tư, ứng dụng khoa học và công nghệ. Trong giai đoạn 2016-2020, tổng số đơn đăng ký bảo hộ sáng chế, giải pháp hữu ích của người nộp đơn có quốc tịch Việt Nam là 3.882 đơn, gấp 1,2 lần giai đoạn 2011-2015.
Nghiên cứu khoa học xã hội và nhân văn đã luôn nỗ lực và bền bỉ phát triển hệ thống lý luận mới về vai trò của văn hóa, lịch sử, con người và các nhân tố tạo nên sự phát triển bền vững, tác động vào quá trình thay đổi nhận thức và hành vi, bồi đắp trí tuệ của con người Việt Nam trong xã hội hiện đại, bảo tồn và phát huy các giá trị tinh hoa của dân tộc. Nghiên cứu khoa học tự nhiên đã có tiến bộ vượt bậc về lượng và chất trong những năm gần đây. Các nghiên cứu cơ bản định hướng ứng dụng đã tạo ra nhiều kết quả nổi bật trong lĩnh vực hóa học, cơ học, khoa học thông tin và máy tính, sinh học nông nghiệp, y sinh dược học. Nghiên cứu khoa học kỹ thuật và công nghệ đã phát triển lên một tầm cao mới về năng lực và trình độ nghiên cứu, đóng góp ngày càng hiệu quả hơn cho phát triển kinh tế – xã hội và cải thiện đời sống nhân dân. Các công nghệ chủ chốt của Cách mạng công nghiệp 4.0 được ứng dụng sâu rộng hơn trong các chuỗi giá trị sản xuất nông nghiệp, công nghiệp và dịch vụ.
Nhìn lại lịch sử, khoa học và công nghệ đã được xã hội đánh giá ngày càng cao hầu hết đều xuất phát từ những kết quả nghiên cứu các vấn đề thực tiễn cuộc sống đặt ra. Từ việc nghiên cứu, chế tạo thành công súng bazooka và nhiều loại vũ khí của GS. Trần Đại Nghĩa cùng các đồng đội trong điều kiện hết sức khó khăn; GS Đặng Văn Ngữ nghiên cứu, bào chế dung dịch penicillin chữa vết thương trong kháng chiến; đường dây 500kV Bắc – Nam nối liền hệ thống điện trong cả nước; hệ thống thuỷ lợi đưa Tứ giác Long Xuyên trở từ hoang hoá, nhiễm phèn nặng thành vùng sản xuất trù phú, trọng điểm sản xuất lúa gạo; hay việc áp dụng công nghệ bê tông đầm lăn giúp Thuỷ điện Sơn La về đích sớm 3 năm; giàn khoan tự nâng; xuất khẩu sản phẩm nông sản và nhiều thành tựu khác… Những thành tựu đó đều có đóng góp của các nhà khoa học cùng các doanh nghiệp. Công tác truyền thông về những thành tựu, kết quả đó cần mạnh mẽ hơn nữa.
Trong giai đoạn 2016-2020, ngành khoa học và công nghệ, trong đó có các chương trình Khoa học công nghệ quốc gia, đã đóng góp quan trọng vào chỉ số năng suất các nhân tố tổng hợp (TFP), tốc độ tăng năng suất lao động cao hơn nhiều so với kỳ trước, tỉ trọng sản phẩm công nghệ cao trong xuất khẩu; đạt được những bước tiến đáng ghi nhận về chỉ số đổi mới sáng tạo, công bố nghiên cứu khoa học quốc tế, sở hữu trí tuệ, tạo dựng hệ sinh thái khởi nghiệp đổi mới sáng tạo tương đối đều khắp,…
Ngành Khoa học và công nghệ đã triển khai một số chương trình lớn về khoa học xã hội, chính trị, quản lý. Ngoài đóng góp về văn kiện Đại hội Đảng, đã có một số đề án lớn, tạo được nền tảng, đồ sộ về tầm vóc tri thức và ảnh hưởng được thực hiện như Bộ Lịch sử Việt Nam (Quốc sử), Bộ Địa chí quốc gia Việt Nam (Quốc chí), Bách khoa toàn thư Việt Nam…